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分居期间所负债务应当按照以下原则进行处理：分居期间一方在另一方不知情的情况下的借款，如果用于家庭日常生活的，离婚时也算共同债务，应当由双方共同偿还；
如果分居期间一方所欠借款没有用于家庭日常生活的，离婚时不能算是共同债务，应当由欠债一方自己偿还。
如果分居期间一方所欠债务事后经过另一方追认的，属于共同债务，应当共同偿还。
【法律依据】
《民法典》第一千零六十四条，夫妻双方共同签名或者夫妻一方事后追认等共同意思表示所负的债务，以及夫妻一方在婚姻关系存续期间以个人名义为家庭日常生活需要所负的债务，属于夫妻共同债务。
夫妻一方在婚姻关系存续期间以个人名义超出家庭日常生活需要所负的债务，不属于夫妻共同债务；但是，债权人能够证明该债务用于夫妻共同生活、共同生产经营或者基于夫妻双方共同意思表示的除外。