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法律分析：
逾期付款违约金的计算方式是：
1、如果合同中有约定的，优先按约定的方式计算；
2、无约定的或者约定不明确的，当事人可以协商确定；
3、进行协商不成的，当事人可以通过向法院起诉或者通过申请仲裁，来确定计算的方式。
法律依据：
《民法典》 第五百五十八条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务