公司犯罪证据排除后如何处理内部责任？

法律分析：在公司犯罪证据排除后，要根据公司的内部管理体系和责任制度来进行内部责任的处理。主要包括以下三个方面：一、公司领导和机构内部责任的追究。二、公司员工内部责任的追究。三、公司内部制度和管理的完善。

法律依据：

1、《中华人民共和国刑法》第七十二条规定：“企业、事业单位、机关、社会团体、民办非企业单位的法定代表人、主要负责人或者直接责任人员有下列情形之一的，应当追究其刑事责任，对单位予以罚款：（一）将单位的财物、证券、资金占为己有或者挪用；（二）以虚构的形式骗取财物；（三）故意销毁财物、证券、资金或者以其他方法隐瞒、转移财产；（四）以其他手段侵占财物、证券、资金或者为个人非法牟利提供方便。”

2、《中华人民共和国公司法》第六十三条规定：“公司的董事、高级管理人员或者其他员工，违反本法或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。”

3、《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条规定：“劳动者有下列情形之一的，由劳动者承担经济赔偿责任：（一）违反本法及其法律、行政法规的规定；（二）违反劳动合同的约定；（三）故意或者重大过失损害单位利益的。”

以上法律依据说明，在公司犯罪证据排除后，应该依据公司的内部管理体系和规章制度来处理内部责任。对于领导和机构内部责任的追究，可以按照刑法的规定进行罚款和刑事追究；对于员工内部责任的追究，可以依据公司法和劳动合同法的规定进行赔偿和经济处罚；同时，还需要完善公司的内部制度和管理，以避免类似问题的再次发生。